Algunos nahoas provenientes de Tollán, hoy Tula, colonizaron la región de Zimapán. Esta ciudad fue fundada por los españoles en 1522, quienes le cambiaron el nombre de la "C" por la "Z".
Los toltecas que llegaron a Xochicoatlán, en el Municipio de Molango, en el siglo VII después de Cristo. Se dispersaron asentándose principalmente en el Valle de Tollán (hoy Tula), cuando el pueblo Tolteca disfrutaba de un inmenso poderío, comenzaron a penetrar algunas tribus del norte, una de ellas fue la de los nahoas. Algunos de ellos se quedaron a vivir en la región de Zimapán. Los frailes agustinos y franciscanos difundieron el cristianismo en esta región.
Los agustinos construyeron la primera iglesia en el siglo XVIII; luego iniciaron la construcción de otra que fue concluida en el año de 1822. Los otros templos construidos por los españoles fueron Guadalupe, Santiago, Calvario y San Pedro.
En la guerra de independencia, Zimapán fue escenario de actos notables. El General Martínez derrota en Lomas de la Estancia a un batallón imperialista y el Coronel Antonio Viruegas venció en La Encarnación a una fuerza invasora. En esta etapa revolucionaria de 1910, el General Otilio Villegas, de las fuerzas Carrancistas, venció a los convencionistas que lo atacaron en esta población.
